Precyzyjne ich określenie może przysporzyć sporo trudności, zwłaszcza gdy ma się na uwadze obszerność regulacji prawnych dotyczących tego zagadnienia oraz niejasność i nieprecyzyjność przepisów podatkowych.
W pierwszej kolejności analiza skutków podatkowych powinna być dokonana z punktu widzenia spółki przyjmującej. Wprawdzie przepisy Kodeksu spółek handlowych stanowią, że następca prawny wstępuje we wszystkie prawa i obowiązki swego poprzednika, jednakże przejście praw i obowiązków podatkowych, czyli wystąpienie i zakres tzw. sukcesji podatkowej regulują przepisy podatkowe tj. Ordynacja podatkowa i ustawy, dotyczące poszczególnych podatków, zaliczane do szczegółowego prawa podatkowego.
Problem z sukcesją podatkową w przypadku aportu przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części wynika z tego, że Ordynacja podatkowa, wiąże sukcesję podatkową wyłącznie z łączeniem się przedsiębiorstw, przejęciem, przekształceniem oraz podziałem przez wydzielenie (art. 93-93c Ordynacji podatkowej). Oznacza to, że np. wniesienie przez spółkę aportu w postaci przedsiębiorstwa nie mieści się w definicji żadnego z powyższych zdarzeń, dlatego zdaniem organów podatkowych nie występuje w tym przypadku sukcesja podatkowa. W konsekwencji podmioty otrzymujące przedsiębiorstwo lub jego zorganizowaną część w formie aportu borykają się z różnorodnymi negatywnymi skutkami podatkowymi negacji przez organy podatkowe następstwa prawnego podmiotu otrzymującego aport w wymiarze podatkowym.
Na tej podstawie organy podatkowe konsekwentnie odmawiają prawa zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów odsetek od kredytu obrotowego wniesionego aportem wraz z pozostałymi składnikami majątkowymi.
Zdaniem podatników samo nabycie przedsiębiorstwa, niezależnie od tego, czy współistnieje z nim umowa przejęcia długu czy też nie, generuje w majątku nabywcy pasywa, które stanowią potencjalne ryzyka dla dalszego uzyskiwania przychodu. Wyeliminowanie tych pasywów nie jest możliwe w żaden inny sposób jak tylko poprzez spłatę zobowiązań. To wiąże wydatki pochodzące na ten cel z dążeniem do zachowania lub zabezpieczenia źródła dochodu w taki sposób, że wydatki te są kosztami uzyskania przychodu.
Zdaniem organów podatkowych zapłacone odsetki od kredytu obrotowego wniesionego aportem z pozostałą częścią przedsiębiorstwa nie są kosztem podatkowym ze względu na brak sukcesji podatkowej. Organy podatkowe zwracają uwagę na fakt, że wniesienie przez spółkę kapitałową przedsiębiorstwa aportem do innej spółki kapitałowej, a także umowne przejęcie długu nie zostały wskazane przez ustawodawcę jako czynności prawne skutkujące sukcesją podatkową. Zamknięty katalog przypadków, w których osoba prawna wchodzi we wszystkie prawa i obowiązki podatkowe innego podatnika, został zawarty w art. 93-93c Ordynacji podatkowej.
Problem pozostaje ciągle aktualny, ponieważ organy podatkowe nie zmieniły stanowiska w tej sprawie (interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z dnia 28 stycznia 2013 r., sygn. IPTPB3/423-385/12-2/IR) pomimo zmiany stanowiska przez sądy wojewódzkie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z dnia 22 grudnia 2010 r., sygn. akt III SA/Wa 2457/10, wskazał (w odniesieniu do zobowiązań przejętych na podstawie art. 519 Kc w związku z wniesieniem aportu w postaci zorganizowanej części przedsiębiorstwa), że prowadzenie działalności gospodarczej w ramach innego podmiotu (Spółki) ma charakter permanentny. Przedsiębiorca jest zmuszony do ponoszenia na bieżąco określonych kosztów w celu zapewnienia niezakłóconego funkcjonowania prowadzonego przedsiębiorstwa. Mogą to być koszty różnego rodzaju np. o charakterze czysto finansowym. Wszystkie one pozwalają na normalne funkcjonowanie przedsiębiorstwa, a w sensie podatkowym zabezpieczają źródło przychodów. Jeżeli więc określony wydatek towarzyszący działalności gospodarczej ze swej istoty i z racji rozwiązań prawnych przyjętych w ustawie podatkowej jest kosztem podatkowym i gdyby nie wniesienie aportu byłby, ze względu na wykazywanie związku z prowadzoną działalnością gospodarczą, kosztem uzyskania przychodu, to takim kosztem powinien zostać również u obejmującego aport (Spółki), gdyż występuje analogiczny związek pomiędzy takim kosztem a przychodami (prowadzoną działalnością) i fakt, że dana operacja gospodarcza rodząca zobowiązanie podjęta została jeszcze przez zbywcę, sam w sobie, nie powinien mieć charakteru rozstrzygającego.
W przedstawionym zagadnieniu podatkowym o nieuznaniu zapłaconych odsetek od kredytu obrotowego, wniesionego aportem łącznie z przedsiębiorstwem za koszt uzyskania przychodu, ostatecznie zadecydował brak sukcesji podatkowej. Trudno jest jednak przyjąć fakt, że odsetek od kredytu obrotowego, który został zaciągnięty przez przedsiębiorstwo na potrzeby bieżącej działalności, a następnie wniesiony aportem wraz z całym majątkiem, nie można uznać za koszt uzyskania przychodu. Przecież bezsprzeczne jest, że kredyt obrotowy po jego wniesieniu służy już tylko i wyłącznie podmiotowi, który go przejął. Za tak otrzymane środki pieniężne kupuje surowce do produkcji, reguluje zobowiązanie z tytułu wynagrodzeń, ewidentnie prowadzi działalność gospodarczą w celu uzyskania przychodu, a mimo to ponoszone koszty związane z finansowaniem swojej działalności w postaci odsetek od kredytu obrotowego nie są kosztem uzyskania przychodu, tylko dlatego, że zobowiązanie w postaci kredytu zaciągnął poprzednik prawny.
