Zgłoszenie o zaprzestaniu wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT należy złożyć na druku VAT-Z (wzór określony został w załączniku nr 4 do rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 5 kwietnia 2004 r. w sprawie wzorów dokumentów związanych z rejestracją podatników w zakresie podatku od towarów i usług (Dz. U. nr 55, poz. 539; ost. zm. w Dz. U. z 2008 r. nr 211, poz. 1331).
Wykreślając podatnika będącego osobą fizyczną z rejestru otgan podatkowy nie wydaje decyzji administracyjnej, jak również nie unieważnienia numeru identyfikacyjnego. Podatnik, który zaprzestał prowadzenia działalności, korzysta z tego samego NIP.
W przypadku podatnika niebędącego osobą fizyczną ustanie bytu prawnego powoduje, że decyzja o nadaniu NIP wygasa z mocy prawa.
W przypadku zaprzestania działalności przez osoby fizyczne lub likwidacji spółki cywilnej i handlowej niemającej osobowości prawnej, opodatkowaniu podatkiem VAT podlegają towary własnej produkcji i towary, które po nabyciu nie były przedmiotem dostawy, w stosunku do których przysługiwało podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego.
Podatnicy likwidując działalność powinni sporządzić na dzień rozwiązania spółki lub zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu spis z natury towarów (art. 14 ust. 5 ustawy).
Osoby fizyczne prowadzące indywidualną działalność gospodarczą, które przez okres co najmniej 10 miesięcy nie wykonywały czynności podlegających opodatkowaniu, na mocy art. 14 ust. 3 ustawy o VAT również zobowiązane są do sporządzenia remanentu likwidacyjnego.
Dostawa towarów objętych spisem z natury, dokonywana przez byłych wspólników spółek cywilnych lub handlowych niemających osobowości prawnej oraz osoby fizyczne podlega zwolnieniu z opodatkowania przez okres 12 miesięcy od dnia rozwiązania spółki lub zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu, pod warunkiem rozliczenia podatku od towarów objętych spisem z natury (art. 14 ust. 7 ustawy).
Zgodnie z art. 14 ust. 8, w związku z art. 29 ust. 10 ustawy o VAT, podstawą opodatkowania towarów objętych spisem z natury jest cena nabycia towarów (bez podatku), a gdy nie ma ceny nabycia, koszt wytworzenia, określone w momencie dostawy tych towarów.
Podstawą opodatkowania towarów ujętych w remanencie likwidacyjnym jest ich wartość rynkowa na dzień likwidacji działalności pomniejszona o kwotę należnego podatku. Moment powstania obowiązku podatkowego w przypadku likwidacji działalności i konieczności sporządzenia spisu z natury towarów, które po nabyciu nie zostały sprzedane, należy odnieść się do art. 14 ust. 6 ustawy o VAT. Zgodnie z nim obowiązek podatkowy powstaje w dniu zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu lub rozwiązania spółki.
Podatnik, który zamierza zlikwidować działalność może wykazać w deklaracji podatkowej za ostatni miesiąc, w którym działalność była prowadzona podatek naliczony jako kwotę do zwrotu bezpośredniego.
Z art. 14 ust. 9a ustawy o VAT wynika, iż osobom fizycznym, które zaprzestały wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu oraz osobom, które były wspólnikami spółek cywilnych lub handlowych niemających osobowości prawnej, przysługuje prawo zwrotu różnicy podatku wykazanego w deklaracji podatkowej za okres, w którym te osoby lub spółki były podatnikami zarejestrowanymi jako podatnicy VAT czynni.
Zwrot różnicy podatku następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na jego rachunek bankowy, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym.
W sytuacji złożenia zgłoszenia VAT-Z gdy nie są do końca zakończone procedury związane z ostatnimi zakupami oraz wyprzedażą majątku, wykreślenie podatnika z rejestru VAT wiąże się np. z utratą prawa do wystawiania faktur VAT, co wynika z § 4 rozporządzenia w sprawie faktur.
