Nie ma się jednak co oszukiwać – ebooki oprócz licznych zalet mają też garść wad, o których nie można zapominać. Pierwszą z nich jest fakt, że do ich odtworzenia potrzebny jest jakiś sprzęt. Może to być komputer, telefon komórkowy, czytnik ebooków, czy tablet, jednak bez tego możemy sobie o ebookach pomarzyć. To istotny problem zwłaszcza w momencie, gdy nasz sprzęt się zepsuje albo wyczerpie się w nim bateria. A jeśli już o sprzęcie mowa, to jego cena też nie jest zbyt niska. O ile komputer ma dziś już prawie każdy, o tyle już czytniki ebooków niekoniecznie – choć najlepiej nadają się do czytania.
Kolejną kwestią jest bariera technologiczna. Szczególnie ludzie starsi mogą mieć problem z przestawieniem się, czy korzystaniem z tej formy książki, zwłaszcza, jeśli wcześniej nie mieli za wiele wspólnego z komputerami. Kolejną wadą ebooków jest fakt, iż są dość drogie w stosunku do książek tradycyjnych. Marzeniem czytelnika byłaby sytuacja, w której ebooki będą co najmniej o połowę tańsze od książek tradycyjnych, zwłaszcza, że do ich wytworzenia nie potrzebujemy papieru. Wydawcy bronią się jednak tym, iż cena wynika z wyższego podatku vat, jaki musimy zapłacić przy ich zakupie. Oprócz ceny bolączką, szczególnie polskich czytelników jest dostępność ebooków. Księgarnie internetowe wciąż mają zbyt mały zasób książek do wyboru, o nowościach, czy bestsellerach już nie wspominając. Przez to rodzi się frustracja – mam czytnik, chcę ebooki, a nie mogę ich legalnie kupić.
Obok dostępności ebooków problemem jest ich zabezpieczenie. Najczęściej stosowane jest zabezpieczenie DRM, które umożliwia odczytanie ebooka tylko za pośrednictwem odpowiedniego oprogramowania, za to uniemożliwia kopiowanie, czy drukowanie, o pożyczaniu już nie wspominając. Istnieje kilka sposobów na zdjęcie tych zabezpieczeń, jednak to rodzi kolejną frustrację – czytelnik musi obejść coś, co blokuje mu dostęp do książki, za którą zapłacił. Jeszcze jedną wadą ebooków jest być może fakt, iż nie są jeszcze tak popularne, a wielu ludzi nie ma o nich zielonego pojęcia, szczególnie w Polsce.
Aby niwelować wady, które ebooki bez wątpienia posiadają potrzeba dialogu między czytelnikami, a dystrybutorami i wydawcami ebooków, które pozwoliłyby chociażby na obniżenie cen i zastosowanie innych zabezpieczeń, które nie będą jednoznacznie określały uczciwego kupującego, złodziejem.
