Choć to Siły Powietrzne Armii Stanów Zjednoczonych zleciły zaprojektowanie i wyprodukowanie "latającej fortecy", to brytyjskie Królewskie Siły Powietrzne wprowadziły maszyny Boeinga do służby jako pierwsze. Stało się to w roku 1941 - Amerykanie natomiast włączyli B-17 do walki w rok później. Anglicy byli jednak rozczarowani dwudziestoma nowymi nabytkami. Maszyny, które w testach przeprowadzonych w USA wypadły bezkonkurencyjnie, w warunkach walki z niemieckim Luftwaffe nie sprawdzały się tak, jak tego oczekiwano.
Przede wszystkim Brytyjczycy liczyli, że szybkie, dobrze uzbrojone i dość zwrotne samoloty będą mogły uczestniczyć w operacjach samodzielnie. Piloci RAF szybko przekonali się, że B-17 wymagają eskorty myśliwców. Ponadto były one dość specyficznie zaprojektowane - choć miały znakomite osiągi, to ich obsługa okazywała się na tyle trudna, że amerykańscy testerzy musieli wprowadzić tradycję korzystania z przedstartowej listy kontrolnej, aby uniknąć wypadków w pierwszych minutach lotu. Nienawykli do takich zwyczajów Anglicy, wskutek nieobeznania z maszyną, w ciągu pierwszych miesięcy stracili aż osiem egzemplarzy "fortecy" - czy to przez zestrzelenia spowodowane nadmierną pewnością siebie, czy w wyniku popełnionych przez siebie błędów. Pozostałe maszyny zostały szybko wycofane z frontu i przeniesione do ochrony wybrzeża, gdzie sprawdziły się bardzo dobrze - były tak precyzyjne, że jednej z załóg udało się zatopić niemiecką łódź podwodną.
W siłach powietrznych USA B-17 działał na frontach w Europie i na Pacyfiku. W ramach operacji takich jak Pointblank, z zaskakująco dobrym skutkiem bombardowano niemieckie fabryki i linie zaopatrzenia. Czasem zwycięsto okupione było jednak wysokim kosztem. Największe straty - w dniu, który nazwano "czarnym czwartkiem" - poniesione zostały podczas bombardowania Schweinfurtu, 14 października 1943 r. Stracono łącznie 77 maszyn - większość w wyniku zestrzelenia, choć kilka wycofano ze służby ze względu na stan techniczny. Cel operacji został osiągnięty, lecz w jej trakcie zginęło ponad sześciuset członków załóg.
Na Pacyfik pierwsza eskadra B-17 dotarła w dniu ataku na Pearl Harbor. Jej piloci nie byli świadomi, że kilka kilometrów przed nimi trwa zacięta walka; sądzili, że ich koledzy strzelają na wiwat. Tym razem piloci nie mieli szansy aby się wykazać. W przeciwieństwie do maszyn wykorzystywanych w Europie, na oceanie "fortece" brały głównie udział w bitwach z japońską flotą. Odnosiły sukcesy w dużej mierze dzięki temu, że potrafiły latać na wysokościach większych niż myśliwce wroga.
Co ciekawe, aż dwadzieścia trzy B-17 służyły w armii Związku Radzieckiego - choć nigdy oficjalnie Rosjanom nie podarowano ani nie sprzedano takich samolotów. Były to egzemplarze zdobyczne, które musiały lądować awaryjnie w drodze powrotnej z nalotów bombowych. Kilkanaście maszyn w taki sam sposób zdobyli Niemcy - oni jednak wprawiali się w pilotażu boeingów głównie dlatego, by poznać ich wady.
Statystyki "latającej fortecy" są imponujące: w trakcie drugiej wojny światowej niemal trzynaście tysięcy samolotów tego typu zrzuciło na wroga ponad sześćset tysięcy ton bomb. Najważniejsze dla ich pilotów były jednak nie statystyki, a bilety w drogę powrotną do domu. Dzięki B-17 otrzymało je znacznie więcej załóg, niż w przypadku korzystania z samolotów konkurencji (np. samolotów Douglasa). Maszyna Boeinga uratowała mnóstwo istnień i przyczyniła się do szybszego zakończenia konfliktu. Dziś można ją zobaczyć w muzeach lotnictwa w Ameryce i Wielkiej Brytanii.
Nazwa „Lechistan” nie jest przypadkowym wyborem, lecz celowym nawiązaniem do legendy i symboliki narodowej, podkreślającą związek z historycznymi korzeniami Polski. Pojawienie się tej nazwy na polskich statkach handlowych było przejawem nie tylko patriotyzmu, ale także próbą przypomnienia o możliwych, choć często pomijanych w oficjalnej historiografii, aspektach polskiej przeszłości. Dlaczego właśnie „Lechistan” i co symbolizował dla Polaków?