Mimo iż elektrownie wiatrowe uważa się za ekologiczne, to właśnie ekolodzy często podnoszą głosy sprzeciwu związane z owymi elektrowniami. Według osób znających się na rzeczy elektrownie wiatrowe są poważnym zagrożeniem dla ptaków. Z uwagi, iż wiele tras przelotowych ptaków odbywa się np. wzdłuż polskiego wybrzeża, w miejscach gdzie umiejscowione są liczne wiatraki (np. powiat pucki) to ptaki chcąc nie chcąc wpadają w turbiny takiej elektrowni. Z drugiej strony część naukowców twierdzi, iż niektóre ptaki wytworzyły zdolności do omijania nawet potężnych skupisk, farm elektrowni wiatrowych i nie są tym samym zagrożeniem dla ptactwa.
Kolejnym aspektem dotyczącym budowy nowych elektrowni wiatrowych i związanych z tym kontrowersji jest ich lokalizacja. Niektórzy samorządowcy przekonani za pomocą zysków płynących z umiejscowienia tego typu urządzeń na ich gminnych terenach stawiali by farmę za farmą, a jak się okazuje postawienie choćby jednej farmy burzy na wiele lat krajobraz okolicy. Ostatnimi czasy głośno było o konflikcie na Kociewiu gdzie mieszkańcy nie wyrażają zgody na tego typu zniekształcenie krajobrazu. Podobnie rzecz ma się w powiecie puckim i wejherowski. Tam również władze miały zakusy na stawianie nowych elektrowni wiatrowych, jednakże z uwagi iż tereny te w dość znacznym stopniu żyją z turystyki to tego typu inwestycje będą napotykały opór lokalnych społeczności.
Inna kontrowersja dotyczy hałasu jaki produkują turbiny tego typu elektrowni. Starsze konstrukcje co prawda mogą generować większy hałas, jednakże ustawodawca nauczony pierwszymi próbami z elektrowniami wiatrowymi zaostrzył regulacje i w chwili obecnej elektrownie wiatrowe nie mogą przekraczać norm hałasu.
