W literaturze przedmiotu podkreśla się, iż magazyn konsygnacyjny (consignment stock) kojarzyć należy z odłożeniem w czasie momentu powstania obowiązku podatkowego oraz składowaniem przez podatnika towarów przeznaczonych dla nieokreślonego nabywcy.
Tymczasem analiza projektowanych zmian wskazuje, że ratio legis wprowadzonej instytucji jest przede wszystkim uproszczenie rozliczeń dla transakcji wewnątrzwspólnotowych. Przy tym podkreślić należy, iż zgodnie z projektem wprowadzony do magazynu towar przeznaczony będzie tylko dla jednego odbiorcy. W związku z tym nowa instytucja odpowiada modelowi określanemu w literaturze terminem magazynu typu call-off (call off stock).
To uchybienie terminologiczne nie jest jednak poważnym przewinieniem ustawodawcy, tym bardziej że planuje się wprowadzenie definicji legalnej magazynu konsygnacyjnego do słowniczka pojęć ustawowych.
Instytucja projektowanego magazynu konsygnacyjnego nie jest pomysłem oryginalnym. Podobnie skonstruowane instytucje z powodzeniem funkcjonują w systemach podatkowych większości państw Unii Europejskiej.
Zgodnie z projektem magazynem konsygnacyjnym będzie wyodrębnione miejsce, a więc fizycznie istniejący skład towarów, np. wydzielony plac lub budynek znajdujący się na terytorium państwa członkowskiego. Wprowadzenie do niego przez podatnika utrzymującego magazyn towarów, które uprzednio zostały przemieszczone z innego państwa członkowskiego, co do zasady nie będzie rodzić obowiązku podatkowego.
Dopiero pobranie towaru z magazynu przez innego podatnika, dla którego towar został wprowadzony, spowoduje, iż nastąpi przeniesienie prawa do rozporządzenia tym towarem jak właściciel, czyli podlegająca opodatkowaniu dostawa towarów. Dodajmy: wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów, ponieważ omawiana instytucja dotyczy transakcji wewnątrzwspólnotowych.
Zgodnie z podstawowymi zasadami podatku od wartości dodanej rozliczenie podatku przez nabywcę towarów powinno być lustrzanym odbiciem rozliczenia transakcji przez dostawcę towarów. Skoro po stronie dostawcy mamy do czynienia z wewnątrzwspólnotową dostawą towarów, to po stronie nabywcy następuje wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów. Zatem istotą projektowanego rozwiązania jest przyjęcie fikcji prawnej, iż w momencie pobrania towaru z magazynu nabywca dokonuje wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów.
Reasumując dotychczas poczynione uwagi, należy podkreślić, iż na terytorium RP magazyn konsygnacyjny będzie prowadzić przedsiębiorca zagraniczny. Natomiast wprowadzone do magazynu towary przeznaczone będą dla jednego i z góry określonego przedsiębiorcy polskiego. Ponieważ istota omawianej instytucji polega na rozpoznaniu przez odbiorcę wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, to niezbędne jest, aby polski przedsiębiorca posługiwał się numerem VAT UE dla potrzeb tej transakcji.
Jeżeli przepisy państwa członkowskiego będą przewidywały funkcjonowanie analogicznej instytucji, to odpowiednio polski przedsiębiorca będzie mógł utrzymywać skład konsygnacyjny w tym państwie członkowskim, wprowadzać do niego towary oraz rozpoznać wewnątrzwspólnotową dostawę towarów dopiero w momencie pobrania ich przez zagranicznego kontrahenta. Dla potrzeb tej transakcji polski przedsiębiorca nie będzie musiał rejestrować się jako podatnik VAT w państwie członkowskim kontrahenta. Wówczas do zastosowania stawki 0%, właściwej dla wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, wystarczy, aby polski podatnik dla tej transakcji podał jedynie numer VAT UE, jakim posługuje się zagraniczny przedsiębiorca.
W świetle stosowanej przez organy podatkowe wykładni przepisów ustawy transport własnych towarów przez podatnika pomiędzy państwami członkowskimi Unii Europejskiej rodzi następujące konsekwencje. W kraju wywozu towarów przedsiębiorca zagraniczny powinien rozpoznać wewnątrzwspólnotową dostawę towarów. Natomiast w kraju przywozu, czyli w Polsce, przedsiębiorca powinien rozliczyć podatek należny i naliczony z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. W tym celu podatnik musi zarejestrować się w Polsce, jako podatnik VAT. Następnie, jeżeli przedsiębiorca dokona sprzedaży towarów na rzecz polskiego podatnika, zobowiązany będzie do rozliczenia także dostawy towarów.
Projektodawcy konstruującemu instytucję magazynu konsygnacyjnego zależało na ograniczeniu uciążliwych obowiązków administracyjnych związanych z transakcjami wewnątrzwspólnotowymi. Jednakże z możliwości rozliczania transakcji w oparciu o konstrukcję magazynu konsygnacyjnego będą mogli skorzystać jedynie ci podatnicy VAT, którzy zawiadomią o tym zamiarze naczelnika urzędu skarbowego właściwego dla podatnika polskiego - przyszłego odbiorcy towarów.
Zawiadomienia może dokonać także przyszły odbiorca towarów, pod warunkiem iż zostanie do tej czynności upoważniony przez zagranicznego kontrahenta. Do zawiadomienia muszą zostać dołączone oświadczenia złożone przez przedsiębiorcę zagranicznego oraz przedsiębiorcę polskiego, iż przemieszczane towary będą rozliczane zgodnie z przepisami dotyczącymi magazynu konsygnacyjnego.
Należy wskazać, że największym mankamentem projektowanych rozwiązań jest zapis, zgodnie z którym sprowadzać towarów w procedurze magazynu konsygnacyjnego nie będą mogli podatnicy z siedzibą/miejscem zamieszkania poza granicami RP, zarejestrowani dla potrzeb podatku VAT w Polsce.
Oznacza to, że podmioty z UE, które już rozpoczęły działalność w Polsce przed wprowadzeniem nowej regulacji i na podstawie dziś obowiązujących przepisów musiały się zarejestrować dla potrzeb podatku VAT w Polsce - będą w praktyce automatycznie wyłączone z nowych regulacji.
W świetle projektu zmian do ustawy pobranie towarów z magazynu konsygnacyjnego musi nastąpić w ciągu 6 miesięcy od dnia ich wprowadzenia. Jeżeli jednak przepisy państwa wywozu będą przewidywały krótszy termin składowania towarów w magazynie konsygnacyjnym, to dostawa będzie musiała nastąpić z zachowaniem tego terminu. Mając na uwadze powyższe, należy podkreślić, iż w przypadku przemieszczania własnych towarów pomiędzy państwami członkowskimi w oparciu o instytucję magazynu konsygnacyjnego dojdzie do "odłożenia w czasie" momentu powstania obowiązku podatkowego.
Zamiarem ustawodawcy było skorelowanie ze sobą obowiązku podatkowego, jaki powstaje z tytułu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów oraz wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów.
W przypadku przedsiębiorcy polskiego, który będzie przemieszczał własne towary na terytorium państwa członkowskiego do magazynu konsygnacyjnego, obowiązek podatkowy z tytułu wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów powstanie w tym samym momencie, w którym po stronie odbiorcy powstanie obowiązek z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Natomiast jeżeli polski przedsiębiorca jest odbiorcą towarów, to obowiązek podatkowy z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów powstanie w momencie ich dostawy.
Należy podkreślić, iż towary przemieszczane przez zagranicznego przedsiębiorcę do magazynów konsygnacyjnych na terytorium RP muszą zostać do nich wprowadzone z zamiarem ich dostawy określonemu podmiotowi. Mechanizmem zabezpieczającym spełnienie przesłanki zamiaru dostarczenia towaru oznaczonemu kontrahentowi jest obowiązek składania oświadczenia przez odbiorcę towaru, o czym była już mowa.
W związku z powyższym omawiana instytucja nie sprawdzi się w przypadku zagranicznych przedsiębiorców, którzy chcieliby przemieszczać własne towary na terytorium RP, nie mając zamiaru sprzedawać ich w kraju składowania. Magazyn konsygnacyjny nie znajdzie zastosowania także jako centrum dystrybucji, z którego towary mogłoby pobierać wielu kontrahentów.
Projektowane przepisy nie regulują przypadku zwrotu towarów przez odbiorcę do magazynu konsygnacyjnego. W związku z tym sam zwrot towaru nie będzie traktowany jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów po stronie podatnika, który uprzednio dokonał dostawy. Dopiero wywóz towarów do kraju ich pochodzenia przyniesie po stronie dokonującego zwrotu skutek w postaci wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, natomiast po stronie podatnika przyjmującego zwrot wystąpi wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów.