W jego ocenie, sytuacja geopolityczna miała się nieprędko zmienić. Chciał, by Naród doczekał lepszych, normalnych czasów. Stąd jego próba ułożenia tymczasowego modus vivendi z komunistami i podpisanie w roku 1950 porozumienia, które pozwalało Kościołowi zachować wewnętrzną autonomię i ścisłą więź ze Stolicą Apostolską. Za cenę jednak wielu ustępstw natury politycznej.
Niestety, wszystkie ustalenia niemal natychmiast po podpisaniu dokumentu były przez władze łamane. Jak reżim widział przyszłość stosunków z Kościołem, najlepiej mówi fragment listu Bolesława Bieruta do Stalina: "Na bazie tego pożytecznego dla nas kompromisu będziemy rozwijać dalsze natarcie w celu ograniczenia wpływu Kościoła katolickiego w naszym kraju".
W momencie gdy komuniści chcieli sami decydować o nominacjach na stanowiska kościelne, Prymas Wyszyński zrozumiał, że dalej cofać się już nie można.
8 maja 1953 r. Episkopat Polski, nakłoniony przez ks. kard. Stefana Wyszyńskiego, wydaje słynny memoriał, w którym znalazły się słowa: "(...) położenie Kościoła w Polsce nie tylko się w sposób trwały nie poprawia, lecz przeciwnie, stale się pogarsza (...). Odpowiedzialność za wszystko spada na ideologię marksizmu, na doktrynę, która głosi nienawiść do ludzi, przeciwników ściga zemstą, a nawet wśród braci szczepi podziały i waśnie. Jakżeż ta doktryna mogłaby być obojętna dla Ewangelii miłości, pokoju i przebaczenia? Obojętną nie jest. (...) A gdyby się zdarzyć miało, że czynniki zewnętrzne będą nam uniemożliwiały powoływanie na stanowiska duchowne ludzi właściwych i kompetentnych, jesteśmy zdecydowani nie obsadzać ich raczej wcale, niż oddawać religijne rządy dusz w ręce niegodne. (...) Rzeczy Bożych na ołtarzach Cezara składać nie można.
Podczas procesji Bożego Ciała w Warszawie 4 czerwca 1953 r. Prymas Wyszyński, przemawiając do rzeszy wiernych, po raz pierwszy tak otwarcie ukazuje skalę zagrożenia wolności Kościoła i wzywa do moralnego wsparcia kapłanów: "Nie wolno sięgać do ołtarza, nie wolno stawać między Chrystusem a kapłanem, nie wolno gwałcić sumienia kapłana, nie wolno stawać między biskupem a kapłanem. Uczymy, że należy oddać, co jest Cezara Cezarowi, a co Bożego Bogu. Ale gdy Cezar siada na ołtarzu, to mówimy krótko: nie wolno!".
Wkrótce potem zostaje internowany. W więzieniu spędzić miał trzy lata. Ten okres Prymas Wyszyński wykorzysta m.in. na opracowanie planu przygotowania Polaków do Millennium w roku 1966 i do wcześniejszych Jasnogórskich Ślubów Narodu (1956).
Powiewy wiatru wolności wyczuł w więzieniu świetnie: "Jak szybki jest zmierzch "bogów", czynionych ludzkimi rękami! I przed tymi bogami miałby ustąpić Bóg Żywy, dla którego miejsca nie ma w państwie marksistowskim. (...). I dla takich złudnych mgieł miałby Kościół iść na służbę doktryny, która jutro potępi i odrzuci to, co wczoraj wynosiła "na ołtarze"?!".
Prymas opuści klasztor w Komańczy jesienią 1956 roku. Od roku 1958 będzie mógł liczyć na bliską współpracę z młodym krakowskim biskupem Karolem Wojtyłą.
Karol Wojtyła, urodzony w roku 1920, roku Cudu nad Wisłą, podobnie jak Prymas nigdy nie żywił żadnych złudzeń co do istoty komunizmu. Przez długie lata nie był jednak tak bezpośrednio zaangażowany w walkę polityczną jak Wyszyński. Od momentu swej nominacji biskupiej z ogromnym zapałem zajął się kierowaniem diecezją krakowską. I tu na każdym kroku przeciwstawiał się komunistycznej władzy - domagał się budowy nowych kościołów na robotniczych osiedlach, występował w obronie prawa młodzieży do nauczania religii w szkołach, uparcie żądał przywrócenia tradycyjnej trasy procesji Bożego Ciała na Stary Rynek. Czynił to w sposób stanowczy, lecz dyplomatyczny. I to może nieco zmyliło władze. W ocenie totalitarnego zła był bowiem równie bezwzględny jak Prymas
. Już jako Papież przypomni, jak przez dziesięciolecia dążono do "usunięcia Boga i Jego obrazu z pola widzenia człowieka", czego rezultatem było zastąpienie Go fałszywą religią "totalitarnych ideologii (...) nazistowskiego pogaństwa i dogmatu marksistowskiego".
Jako filozof ścierał się z ideologią marksistowską na innym niż Prymas Stefan Wyszyński gruncie. Jego wizja personalistycznego katolicyzmu tylko pozornie różniła się od klasycznego, tomistycznego widzenia świata przez ks. kard. Wyszyńskiego. W rzeczywistości obaj byli "realistami" w tym znaczeniu, iż pokładali wielką wiarę w możliwości ludzkiego umysłu. Byli przekonani, iż człowiek rozumny jest w stanie pojąć prawdę objawioną i uzyskać odpowiedzi na podstawowe egzystencjalne pytania, co stanowić miało podstawę do działań odważnych i racjonalnych.
I pomyśleć, że tych dwóch ludzi władze miały nadzieję skłócić ze sobą... Trudno było o większą pomyłkę. Zamiast jednego niezłomnego kardynała reżim doczekał się dwóch. I to działających ręka w rękę.
