W procesie wytwarzania whisky zesłodowane wcześniej ziarna jęczmienia są suszone na dwa sposoby. W opcji pierwszej jest to po prostu ciepłe powietrze. Metoda ta należy do tych bardziej nowoczesnych. Opcja druga polega na wykorzystaniu do tego celu dymu torfowego. Mówimy tu o zastosowaniu tradycyjnej metody. Następnym działaniem jest zielenie ziaren, co ma na celu łatwiejsze wypłukanie cukru. Teraz, gdy woda z cukrem odsączona jest od ziaren, dodaje się do niej drożdży i przechodzi do procesu fermentacji. Gdy w cieczy znajdzie się już odpowiednia ilość alkoholu następuje destylowanie. W ten sposób otrzymujemy trunek całkowicie bezbarwny i to niezależnie od stosowanej metody. Jeżeli jakikolwiek kolor pojawia się na tym etapie, jest on wynikiem tylko i wyłączenie stosowanej wody. Przykładowo, woda ze szkockich strumieni, ma delikatny brązowy odcień, przez co szkocka whisky jeszcze przed beczkowaniem może mieć delikatny kolor.
Faktyczny kolor whisky to zasługa oddziaływania dębowego drewna beczek, tego co w beczkach dojrzewało wcześniej i jak długo leżakować będzie sama whisky.
Whisky, która dojrzewa w beczkach po sherry, posiada charakterystyczny, bordowy odcień, a beczki wcześniej zastosowane do burbona, dają whisky rożne odcienie żółtego. Whisky dojrzewa również w beczkach, w których wcześniej dwu lub trzykrotnie dojrzewał ten właśnie alkohol.
Eksperymentalnie używa się również beczek po porto, maderze lub innych winach. Pamiętać należy więc, że każdy rodzaj beczki to nieco inny rodzaj whisky.
Wpływ na barwę ma również sam czas dojrzewania. Jak nie trudno się domyślić, im starsza whisky, tym jej kolor będzie intensywniejszy. Kolory zmieniają się w czasie począwszy od słomkowego, przez złoty, do ciemnożółtego. Whisky, która bardzo długo leżakuje w beczkach po sherry może mieć nawet kolor prawie że czerwony, ciemnobrązowy lub niemal czarny.
Należy pamiętać o tym, że dostępne w sklepach whisky to najczęściej whisky mieszane. Zabutelkowany zostaje więc produkt, o jeszcze innym kolorze, niż miał pierwotnie po przelaniu z beczek.
Powszechnie znane są również praktyki polegające na barwieniu whisky karmelem. Za pomocą karmelu nadaje się alkoholowi barwy zgodnej z pewnymi standardami. Jest jednak jedna zasada. Jako, że jest to swego rodzaju oszustwo, stężenie karmelu nie może przekroczyć 0.05%. Karmelu nie powinno być również zbyt wiele, aby nie zmienić oryginalnego smaku whisky.