Leczenie kanałowe odbywa się w znieczuleniu miejscowym, gdyż ból, jaki by temu towarzyszył jest niewyobrażalny. Ząb włącznie z korzeniem zostaje najpierw oczyszczony z chorobowo zmienionej miazgi. Kolejno następuje dezynfekcja i wypełnienie chorego zęba odpowiednią substancją. Leczenie może zakończyć się zwykle podczas jednej wizyty dentysty, który wypełniając chory ząb, zapobiega dostawaniu się do jego wnętrza bakterii, które mogą powodować próchnicę i szybsze niszczenie zęba.
Jeśli jednak bólowi zęba towarzyszą także stany ropne, które obejmują powierzchnię wokół zęba lub też cysty, należy się przygotować na długotrwałe leczenie. Stomatolog nie może zaleczyć chorego zęba przed wcześniejszym uporaniem się ze stanami zapalnymi, gdyż może to prowadzić w ostateczności do resekcji takiego zęba. W takim przypadku konieczne jest zatem przyjmowanie przez określony czas antybiotyków, które mają za zadanie usunięcie stanu zapalnego.
Przed samym zabiegiem kanałowego leczenia koniecznie dentysta powinien nas skierować na wykonanie zdjęcia radiologicznego. Pozwoli to ocenić stan tkanek wokół zęba, ilość i długość kanałów zębowych a także dobrać w zależności od wykrytych zmian odpowiednią metodę leczenia. Po wykonaniu kanałowego leczenie również istotne jest by powtórzyć zdjęcie, by można było ocenić efekt zabiegu i sprawdzić, czy nie jest jednak konieczne poprawienie czegoś.
Po wyleczeniu zęba, jego zewnętrza część musi zostać odbudowana, aby do jego wnętrza nie miały możliwości wnikać bakterie odpowiedzialne za choroby zębów. Jeśli nie zostanie to wykonane w odpowiednich warunkach z niezachowaniem sterylności wokół miejsca, może doprowadzić do bardzo nieprzyjemnych zmian około zębowych.
Czasami ząb jest jednak tak zniszczony, że samo wypełnienie go odpowiednią substancją nie wystarcza. Wtedy stosuje się tak zwane ćwieki albo wkręty w celu wzmocnienia leczonego zęba. Na sam koniec, korona zostaje odtworzona wypełnieniem kompozytowym, porcelanowym lub innym w zależności od tego, jaką zwykle wybierze pacjent.
Zabieg kanałowego leczenie w przypadku małych zmian chorobowych może być wykonywany bez znieczulenia, całkowicie bezboleśnie. Jednak w przypadku głębokich ubytków z dodatkowo występującymi zakażeniami, konieczne jest niestety znieczulenie.