Jego działanie obejmuje transakcje dokonywane wewnątrz Wspólnoty (nabycia i dostawy wewnątrzwspólnotowe towarów) oraz informacje o podatnikach VAT zarejestrowanych dla potrzeb handlu wewnątrzwspólnotowego. System ten składa się z krajowych baz danych połączonych we wspólną sieć Wspólnoty Europejskiej.
Podstawę prawną funkcjonowania systemu VIES stanowi Rozporządzenie Rady 1798/2003 z dnia 7 października 2003 r. w sprawie współpracy administracyjnej w dziedzinie podatku od wartości dodanej.
Rozporządzenie to reguluje i sankcjonuje funkcjonowanie Centralnych Biur Łącznikowych (Central Liaison Office - CLO) jako instytucji koordynujących działanie VIES. W Polsce jest to Biuro Wymiany Informacji o VAT, ulokowane w strukturach Ministerstwa Finansów w Warszawie oraz Ośrodek Zamiejscowy w Koninie (Call Center). Do najważniejszych zadań tego ostatniego należy udzielanie podatnikom informacji w zakresie:
- stosowania przepisów w zakresie podatku od towarów i usług w transakcjach wewnątrzwspólnotowych,
- potwierdzania numerów identyfikacyjnych VAT zagranicznych kontrahentów,
W Systemie Wymiany Informacji o VAT funkcjonują także izby i urzędy skarbowe oraz urzędy kontroli skarbowej.
VIES powstał w celu zapewnienia kontroli przepływu towarów między państwami członkowskimi. Daje on możliwość wykrywania wszelkich nieprawidłowości z tym związanych, a co za tym idzie, zapobiega powstawaniu strat we wpływach podatkowych. VIES pozwala każdej administracji podatkowej państw członkowskich w dowolnym czasie uzyskać informacje o dostawach wewnątrzwspólnotowych oraz podatnikach VAT działających na wspólnym rynku UE.
Każdy podatnik VAT dokonujący transakcji wewnątrzwspólnotowych ma obowiązek posiadania unikalnego numeru VAT przyznanego dla potrzeb handlu wewnątrzwspólnotowego przez administrację podatkową państwa członkowskiego UE, w którym jest zarejestrowany na potrzeby VAT. Posiadanie takiego numeru uprawnia podatnika do zastosowania preferencyjnej stawki podatku VAT 0% z tytułu dostawy wewnątrzwspólnotowej, zaś administracji podatkowej daje możliwość szybkiej weryfikacji statusu podatkowego polskiego i unijnego podatnika. W Polsce numer ten ma postać zwykłego numeru NIP poprzedzonego dwuliterowym kodem kraju, czyli "PL".
Administracje podatkowe państw członkowskich mają obowiązek potwierdzania - na wniosek podatników - numerów identyfikacyjnych VAT przydzielonych podatnikom dokonującym transakcji wewnątrzwspólnotowych. Daje to możliwość sprawdzenia, czy nabywca towarów jest zarejestrowanym podatnikiem VAT dla celów handlu wewnątrzwspólnotowego, co stanowi formę zabezpieczenia podatnika przed nieuczciwymi partnerami handlowymi. Krajowe administracje podatkowe, a także Biura Wymiany Informacji o VAT status podatkowy kontrahenta potwierdzają telefonicznie, faxem, listownie, pocztą elektroniczną, a w niektórych krajach także on-line. Z powodu bezpieczeństwa i ochrony danych nie są udostępniane bezpośrednio nazwy podmiotu, którego dotyczy zapytanie, a jedynie potwierdzany jest, lub też nie, stan faktyczny podany przez podatnika.
Dodatkowo Komisja Europejska, mając na względzie poprawę możliwości dostępu do weryfikacji numerów VAT, uruchomiła stronę internetową, na której podatnik może sprawdzić poprawność i ważność numerów kontrahenta, jak również upewnić się, że podmiot gospodarczy o podanym numerze VAT rzeczywiście istnieje.