Nietoperze nie mają zbyt wielu wrogów naturalnych i wpływ drapieżników na ich populację jest niewielki. To co im rzeczywiście zagraża, to działalność człowieka. Cierpią głównie z powodu niszczenia ich siedlisk oraz utraty naturalnych (i sztucznych też) kryjówek. Szkodzą im też używane przez nas, przede wszystkim w rolnictwie, trucizny.
Chociaż w krajach tropikalnych niektóre nietoperze mogą osiągać wagę do półtora kilograma, te żyjące u nas to na ogół małe i bardzo małe zwierzęta. Z pochodzenia są zwykle stworzeniami leśnymi, ale przystosowały się też do życia na terenach zmienionych przez człowieka. Dla poczucia bezpieczeństwa potrafią się więc wcisnąć nawet w najmniejsze szczeliny – ale i tych im ubywa w wyniku remontów i termomodernizacji budynków. Zwłaszcza prace prowadzone w sezonie rozrodczym mogą skutkować śmiercią całych kolonii matek z bezbronnymi młodymi.
A zniszczenia dopełnia jeszcze częsta wycinka starych drzew z dziuplami również służącymi nietoperzom za kryjówki dzienne, a także tych wokół których lubią latać w celu żerowania nocą i w celu przelotu z kryjówki na żerowiska.
Płoszy je też nadmierne oświetlenie ich siedlisk, ponieważ są stworzeniami nocnymi.
Wszystkie występujące w Polsce gatunki nietoperzy są objęte ochroną ścisłą.
Roczny cykl życia naszych nietoperzy rozpoczyna się wiosną, gdy budzą się z zimowej hibernacji i zaczynają żerować na owadach pojawiających się też po zimowej przerwie. Szacuje się, że nietoperze niszczą w ciągu roku wiele ton owadów, w tym tych dla nas i dla naszej gospodarki szkodliwych. Lato natomiast to sezon rozrodczy nietoperzy, gdy samice zbierają się w koloniach rozrodczych i rodzą młode, co ma miejsce najczęściej w czerwcu. Młode nietoperze są karmione mlekiem i po kilkunastu tygodniach uzyskują samodzielność.
Późne lato i jesień to dla nietoperzy czas intensywnego żerowania, kiedy muszą odłożyć tkankę tłuszczową potrzebną do snu zimowego. Na tę zimową hibernację najczęściej też zapadają gromadnie, we wspólnych zimowiskach.
Za wyjątkiem zagrażających im większych prac remontowych żyjące wśród nas nietoperze zwykle nie potrzebują pomocy i świetnie poradzą sobie same. Jednak w przypadku znalezienia zwierzęcia osłabionego czy chorego najlepiej poradzić się specjalisty chiropterologa, co należy robić. Chiropterolog to biolog zajmujący się zawodowo właśnie nietoperzami.
Badania tych latających ssaków nie są łatwe, dlatego nasi naukowcy wiedzą o nietoperzach jeszcze niewiele. Ale już to, co wiadomo wystarczy, aby uznać je za fascynujące stworzenia. Dlatego warto je chronić, i dalej badać ich życie – jedynych ssaków zdolnych do aktywnego lotu, ukrywających pod osłoną nocy jeszcze niejedną tajemnicę.