Za sprawny przebieg procesów przeładunkowych odpowiadają systemy logistyczne, jednak tak naprawdę podstawą jest prawidłowe rozlokowanie ładunku w kontenerze i zabezpieczenie kontenera na czas transportu. Jeżeli istnieją jakiekolwiek podejrzenia, ze zostało to wykonane nieprawidłowo, przez co może być zagrożone bezpieczeństwo jednostki transportującej (zazwyczaj chodzi o statek), wtedy, taki kontener morski będzie wycofany z transportu.
Podstawową zasadą jest równomierne rozlokowanie ładunku i jego unieruchomienie. Jeżeli objętość ładunku jest mniejsza niż objętość kontenera, a nie można zastosować mocowań, można wypełnić pustą przestrzeń poduszkami powietrznymi, kartonami, styropianem bądź drewnem. Należy korzystać z wszelkich możliwych środków mocujących: lin, odciągów, drewniane kliny, drewno sztauerskie oraz znajdujące się we wnętrzu kontenera uszy i zaczepy.
Inne wymogi związane ze sztauowaniem to:
- zabrania się pakowania ładunku o masie większej niż nośność kontenera
- zabrania się lokowania w jednej połowie kontenera więcej niż 60% ogólnej masy towarów
- towary lżejsze powinny być sztauowane na towarach cięższych, należy unikać sytuacji odwrotnej
- należy przewidzieć, jakie siły mogą działać na ładunek i podjąć wszelkie zabiegi zabezpieczające
- zabrania się przekraczania wytrzymałości pasów wiążących
- należy zapewnić jak najmniejsze obciążenie drzwi kontenera
Zadaniem kontenera nie jest tylko umożliwienie transportu, ale także, a może przede wszystkim, optymalna ochrona ładunku. W związku z tym powinien on być całkowicie szczelny i wodoodporny, by towary nie uległy zawilgoceniu lub zmoczeniu, a także chronić je przed czynnikami termicznymi, biotycznymi i mechanicznymi (naciskiem statycznym, wstrząsami, uderzeniami).
Kiedy towary zostaną prawidłowo rozlokowane i umocowane warto sporządzić dokumentację fotograficzną. Następnym krokiem jest należyte i staranne zaplombowanie kontenera. Wykorzystuje się do tego specjalne plomby kontenerowe. Powinny one posiadać stosowne certyfikaty i spełniać międzynarodowe standardy, w tym wymogi służb celnych z różnych krajów.