W każdym z nich, tej masowej zagłady dokonywano na różne sposoby, pośrednio i bezpośrednio likwidując bezbronnych, często nie do końca wszystkiego świadomych ludzi. Wszystkie te procesy były bardzo dokładnie rozplanowywane i przygotowywane, aby obozy pracowały jak najwydajniej i w miarę bez problemowo.
Podstawowym środkiem eksterminacji były oczywiście komory gazowe. Mogły one w zależności od rozmiarów zabijać jednorazowo po kilkaset więźniów. Więźniów, bardzo często jeszcze nieznających swojego położenia. Pomieszczenia, do których wpuszczano gaz często były połączone z tak zwanymi „barakami rozbieralnymi”, w których to udający się nieświadomie na śmierć zostawiali w porządku swoje ubrania, szczególnie dbając o zapamiętanie o numerku swojego wieszaka. Do samych rozbieralni ludzie często wchodzili przy akompaniamencie orkiestry obozowej wygrywającej marsz, prosto po selekcji, zapewnieni o tym, że udają się do łaźni. Ciała martwych specjalny oddział „obdzierał” z wszystkich wartościowych rzeczy jak np. zegarków, złotych zębów, biżuterii itp. a następnie przenosił do krematoriów, lub gdy te nie wystarczały, do dołów, w których również spalano ciała. W ten sposób ginęli zwykle Ci, którzy nie przeszli selekcji, czyli zostali uznani za niezdolnych do pożytecznej pracy.
Kolejną metodą było rozstrzeliwanie. W Auschwitz początkowo odbywało się to przy dołach po wydobytym żwirze, tak zwanych żwirowiskach, w pobliżu obozu, z pomocą plutonu egzekucyjnego. Potem na otoczonym murem podwórzu bloku 11 przed specjalnie zbudowaną ścianą zwaną Ścianą Straceń. Skazańcy rozbierali się do naga na parterze bloku. Kobiety rozbierały się w oddzielnym pomieszczeniu, były wyprowadzane i zabijane jako pierwsze. Egzekucja w ten sposób odbywała się za pomocą strzału w tył głowy pistoletami małokalibrowymi.
Od czasu do czasu stosowano także egzekucje przez powieszenie. Były one wykonywane publicznie, często podczas apelów w celu zastraszenia. Nierzadko były też karą za ucieczki lub ich próby. Jednym z najbardziej znanych przypadków użycia tej metody było powieszenie 12 więźniów z komanda mierników 19 lipca 1943 r. w ramach represji za ucieczkę ich trzech kolegów.
Za najbardziej brutalny sposób likwidacji więźniów uznaje się jednak bestialskie eksperymenty pseudomedyczne prowadzone przez niemieckich lekarzy. Szczególnym okrucieństwem w obozie w Oświęcimiu wsławił się Josef Mengele, który w ścisłej współpracy z Instytutem Cesarza Wilhelma do Spraw Antropologii, Nauki o Dziedziczeniu i Eugeniki w Berlinie-Dahlem, prowadził głównie badania nad zagadnieniem bliźniactwa oraz fizjologią i patologią skarlenia.
Warto wspomnieć też o eksterminacji pośredniej wspomnianej na początku. Składało się na nią praktycznie wszystko, co otaczało ludzi przebywających w obozach. Warunki w jakich żyli - brak higieny, niedożywienie, niskie temperatury w zimie – doprowadzały do licznych zakażeń czy chorób zakaźnych, które były kolejną przyczyną wielu zgonów.
