Faktury mogą być wystawiane w formie elektronicznej, gdy ich autentyczność, pochodzenie oraz integralność treści zagwarantuje:
- kwalifikowany podpis elektroniczny tzw. certyfikat kwalifikowany
- przez wymianę danych elektronicznych w systemach (EDI).
Przepisy prawa dokładnie nie określają standardów formularzy e-faktur. Dlatego formularz e-faktury może zostać stworzony w dowolnym formacie, ale należy to uzgodnić z jej odbiorcą. Oznacza to, że zgoda na wymianę e-faktur może zostać ograniczona do konkretnych formatów formularzy elektronicznych.
E-faktura może zostać wystawiona pod warunkiem, że jej odbiorca wcześniej zaakceptuje taką formę. Akceptację składa się w formie pisemnej lub w formie elektronicznej, ale potwierdzona musi być poprzez certyfikat kwalifikowany. Zgoda na wystawianie e-faktur może być cofnięta przez jej odbiorcę lub wystawcę. E-faktura wystawiona bez zgody odbiorcy lub po jej cofnięciu jest nieważna. Należy pamiętać, że e-faktury nie można wystawiać dwóch różnych od siebie formach dla wystawcy i odbiorcy.
Wystawianie e-faktur i ich odbiór nie wymaga zgłoszenia tego faktu do Urzędu Skarbowego.
Duplikaty oraz faktury korygujące do faktur wystawianych w formie elektronicznej przesyła się w takiej samej formie. Wyjątkiem mogą być przeszkody formalne (cofnięcie zgody) lub techniczne uniemożliwiające przesłanie dokumentu w takiej formie.
Na terytorium Polski faktury wystawione lub otrzymane w formie elektronicznej należy przechowywać w sposób umożliwiający organom podatkowym na ich żądanie, pełny i ciągły dostęp drogą elektroniczną do tych faktur. E-faktury mogą być przechowywane na terytorium UE, ale pod warunkiem wcześniejszego poinformowania w formie pisemnej naczelnika urzędu skarbowego oraz naczelnika urzędu celnego.
Wystawca oraz odbiorca e-faktury powinien je przechowywać w formie elektronicznej i w formacie, w którym zostały przesłane. Dane gwarantujące autentyczność pochodzenia i integralność treści każdej e-faktury powinny być przechowywane i udostępniane organom podatkowym na zasadach ustalonych dla tych faktur.
Dlatego archiwizowane muszą być nie tylko e-faktury, ale także dane pozwalające na jej weryfikację, w tym przede wszystkim kwalifikowane certyfikaty i ewentualnie znaczniki czasu. E-faktury muszą być przechowywane w postaci oryginalnej.