Niezależnie od wykonywanego zabiegu, przeciwwskazania do jego wykonania podzielić można na kilka grup.
Pierwszą z nich są przeciwwskazania czasowe, czyli takie, które stracą na znaczeniu po określonym czasie. W przypadku makijażu permanentnego tego typu przeciwwskazaniami są np.: stany zapalne, świeże blizny lub oparzenia słoneczne, infekcje, gorączka, zajady (w przypadku makijażu permanentnego ust), infekcje wirusowe, bakteryjne oraz grzybicze, jęczmień, ciąża oraz okres karmienia piersią, a także chemio- i radioterapia. Przed podjęciem decyzji, najlepiej zapytać profesjonalistki, jaki okres czasu powinien upłynąć od względnego ustania danego negatywnego czynnika.
Przeciwwskazania względne, to kolejna grupa czynników, na które powinniśmy zwrócić uwagę przed wybraniem się do salonu kosmetycznego na wykonywania zabiegu. Należą do nich głównie kwestie związane z leczeniem farmakologicznym, a więc wszelkie stale przyjmowane leki, np. przeciwzakrzepowe, uspokajające, nasenne, antydepresyjne, grzybobójcze, antybiotyki, a także maści sterydowe. W zależności od ich wpływu na organizm, mogą być przeciwwskazaniem do wykonania zabiegu lub zupełnie w tym nie przeszkadzać. W tym przypadku warto skontaktować się z lekarzem, aby mieć pewność, że przyjmowanie danych leków nie dyskwalifikuje pacjenta w kwestii makijażu permanentnego. Do tego przeciwwskazań należą jednak także choroby, które charakteryzują się okresami bezobjawowymi, jak np. atopowe zapalenie skóry czy wyrównana cukrzyca. Nieoczywistym przeciwwskazaniem do wykonania zabiegu jest też używanie preparatów na porost rzęs lub brwi.
Do przeciwwskazań bezwzględnych należy zdecydowania alergia na barwniki lub ich poszczególne składniki. Zlekceważenie ostrzeżenia może w tym przypadku zaskutkować wieloma powikłaniami, a co istotne, może spowodować, iż wizualny efekt makijażu permanentnego będzie mało estetyczny. Przeciwwskazaniem bezwzględnym jest także epilepsja i hemofilia. Zabiegu nie można także wykonać u osoby, która zmaga się ze zmianami nowotworowymi w obrębie pola zabiegowego.
Przed każdym zabiegiem tego typu, linergistka w salonie kosmetycznym powinna przeprowadzić wywiad, w czasie którego zorientuje się, czy u klienta nie występują żadne przeciwwskazania do wykonania makijażu permanentnego. Nie należy w takim przypadku pod żadnym pozorem zatajać informacji na temat stanu zdrowia!