Występowanie manganu w wodzie głębinowej łączy się prawie zawsze z występowniem żelaza.
Mangan tworzy czarne osady bardzo trudne do usunięcia. Niektórzy określają je jako maziste osady. Skutkami występowania manganu w wodzie są nieprzyjeny smak i zapach. W insatalacjach zabrudzonych manganem rozwijają się bakterie. Usuwanie managanu jest trudniejsze niż usuwanie żelaza. Podobnie jak żelazo występuje on w wodzie surowej w postaci rozpuszczonej. Uzdatnianie wody pod kątem usunięcia manganu polega na korekcie odczynu pH oraz zastosowaniu odpowiednich utleniaczy. Istotą usunięcia tego jonu jest spowodowanie zmiany postaci z rozpuszconej w formę nierozpuszczoną, którą można strącić na filtrach. Najprostszą metoda utleniania wody jest zastosowanie powietrza (tlenu). Do innych utleniaczy należą: podchloryn sodu i skuteczny nadmanganian potasu. Wysokie zawartości manganu powodują, że konieczne jest rozbudowanie stacji uzdatniania w dwa stopnie. Dzieje się tak dlatego, że na pierwszym stopniu usuwane jest żelazo, na drugim mangan. Filtry do wody usuwające żelazo i omawiany mangan wymagają płukania wstecznego złoża używanego w procesach oraz często systemu dozowania utleniaczy. Następnym czynnikiem decydującym o usuwaniu żelaza i manganu jest utlenialność. Zbyt wysoka jest spowodowana dużą zawartością związków organicznych w wodzie. Powoduje to połączenia metaloorganiczne, które uniemożliwiają usunięcie żelaza i manganu. Metodą, która zmniejsza utlenialność jest zastosowanie podchlorynu sodu, który rozbije w/w połączenia, co ułatwi odżelazienie i odmanganienie wody na odpowiednio dobranym złożu. Wody o wysokiej utlenialności należą do trudnych oraz kosztownych w uzdatnianiu. Dozowany podchloryn sodu musi być za właściwą stacją usunięty na filtrach węglowych. Węgiel aktywny po jakimś czasie pracy kumuluje bakterie i wymaga wymiany lub zastosowania lampy uv. Kolejnym elementem utrudniającym odżelazianie i odmanganianie wody jest obecność siarkowodoru. Charakteryzuje się przykrym zapachem przypominającym zgniłe jaja. Obliczjąc zdolnoć oksydacyjną układu w usuwaniu Fe i Mn należy wynik podzielić przez dwa co oznacza częste regneracje złoża w przypadku zastosowaniu złóż katalitycznych.