Często przy otwieraniu e-konta bankowego fakt, że jest ono bezpłatne bywa na tyle wyeksponowany i podkreślany, że wszystko inne schodzi na dalszy plan i sprawia wrażenie marginalnych.
Okazuje się jednak, że należy przestudiować całą umowę którą podpisujemy przy uruchamianiu konta internetowego, ponieważ faktycznie e-konto zwykle jest darmowe, jednak niektóre paragrafy i zapisy znajdujące się w umowie mogą powodować, że niektóre operacje i usługi bankowe będą jednak kosztowne.
Czasem zdarza się, że konto internetowe tak naprawdę nie jest typowym e-kontem a jedynie zwyczajnym rachunkiem bankowym które jest obsługiwane również za pośrednictwem internetu. W innych natomiast przykładach konto internetowe jest darmowe ale na przykład dopiero wtedy kiedy wpływy miesięczne na rachunek przekraczają jakiś ustalony w umowie pułap.
Dodatkowo do darmowego e-konta dokładane są także limity kredytowe, mogące być wysoko oprocentowane. Jeżeli więc planujemy z tego typu pożyczek korzystać to trzeba dokładnie sprawdzić ich koszty już na etapie podpisywania umowy o e-konto bankowe.
Do e-konta bankowego banki zwykle dokładają karty kredytowe. One także mogą być bezpłatne, ale np. pod jakimś warunkiem. Trzeba sobie też uzmysłowić, że pewne koszty mogą zostać sprytnie ukryte. Przykładowo oprocentowanie pieniędzy ulokowanych na naszym koncie bankowym. Standardowo są one w jakiś sposób oprocentowane, ale jeżeli okaże się, że w banku, w którym staramy się o darmowe e-konto to oprocentowanie będzie przykładowo dwa razy mniejsze, to , pomimo tego, że nominalnie korzystamy, ponieważ środki zgromadzone na koncie pracują, to tak na dobrą sprawę procentują one dwa razy słabiej i z tego tytułu doznajemy straty, której w innym banku byśmy nie odczuwali.
Bardzo często podstawowym wabikiem do uruchomienia konta internetowego jest wygoda realizowania przelewów pieniężnych a także to, że są one całkowicie bezpłatne. Niestety darmowe przelewy z rachunku na rachunek w pewnych bankach są również obwarowane zapisami znajdującymi się w w umowie o konto internetowe. Może się okazać przykładowo że przelewy są rzeczywiście darmowe ale określona ich liczba, lub do ustalonej sumy przelewu.
Jeszcze innym punktem problematycznym, który może nas kosztować dodatkowo są wypłaty pieniędzy z bankomatów. Jeżeli sieć bankomatowa, z którą dany bank posiada umowę jest niewystarczająca, to może się okazać że będziemy zmuszani do wybierania banknotów z konta na przykład w innej miejscowości co dodatkowo będzie nas kosztować czas i pieniądze lub będziemy musieli uiszczać opłatę za korzystanie z bankomatów które należą do innych banków.