Firma powstała w 1992 roku. Jej siedziba znajduje się niedaleko Modeny w miejscowości San Cesario sul Panaro. Założycielem jest urodzony w Argentynie 10 listopada 1955 roku Horacio Pagani, który od młodości przejawiał zainteresowanie motoryzacją. W wieku 12 lat zaprojektowany przez niego model samochodu został wyrzeźbiony w drewnie i spodobał się specjalistom z branży. W wieku lat 20 pracował przy tworzeniu bolidu Renault dla potrzeb F3. W roku 1983 Horacio dzięki pomocy argentyńskiego mistrza F1 Juana Manuela Fangio przeniósł się do Włoch i rozpoczął współpracę z Lamborghini. W firmie tej pracował nad projektami LMA, Countachem Anniversary i Evoluzione, Jalpą, P140 oraz Diablo.
Pierwszy samochód Paganiego zadebiutował w roku 1999 na wystawie „Geneva Motor Show” w Szwajcarii. Model ten nazwany został Zonda C12. Wyposażony był w silnik o pojemności 5987 cm³ silnik Mercedes-Benz M120 V12 generował moc 408 KM. W roku 2002 wyszła wersja Zonda C12S z silnikiem Mercedes AMG zwiększono pojemność silnika do 7010 cm³ i moc do 550 KM. Rok później następną modyfikacją była Zonda S7.3 pojemność silnika zmieniono do 7291 cm³, jednostka ta generowała 555 KM. W roku 2005 następna wersja nazywała się Zonda F. Litera F znalazła się tam nieprzypadkowo pochodziła od nazwiska zmarłego Juana Manuela Fangio mentora Paganiego. Dzięki jego pomocy Horacio rozpoczął współpracę z Mercedesem. Rok po tym w Genewie wyszedł Pagani Zonda F w wersji roadster. W roku 2009 wyszła ostatnia, a zarazem najmocniejsza wersja modelu Zonda z oznaczeniem literą R. Jego sześciolitrowy silnik Mercedesa CLK GTR V 12 generował 750 KM. Auto z homologacją drogową w wersji Cinque miało moc 678 KM. Zonda oznacza ciepły, zachodni wiatr wiejący w Ameryce Południowej.
Obecnie firma produkuje nowy model samochodu o nazwie Pagani Huayra. Samochód ten posiada jednostkę napędową Mercedes-AMG M158 V12 Bi-Turbo o pojemności 5980 cm³ i maksymalnej mocy 700 KM, którą ogsługuje 7-stopniowa sekwencyjna skrzynia biegów. Nazwa tego modelu pochodzi od imienia starożytnego boga wiatru Aymara Huayra Tata skrywającego się w Andch według ludu Ajmara.
Samochody marki Pagani na pewno cechują znakomite osiągi, auta te zawdzięczają to dużym sportowym silnikom. Ich dodatkowym atutem jest niska masa własna. Konstruktorzy osiągnęli ją dzięki zastosowaniu lekkich elementów włókien węglowych takich jak karbon.
