Akwarium jest swoistą miniaturą biotopu, tak skomplikowane procesy potrzebują wspomagania, dlatego potrzebna jest pomoc w postaci dodatkowej filtracji.
Najczęściej można rozróżnić podział na filtry wewnętrzne oraz filtry zewnętrzne.
Filtry wewnętrzne montowane są wewnątrz akwarium za pomocą przyssawek do jednej ze ścian. Przeważnie są one małych rozmiarów oraz pobierają stosunkowo mało prądu. W zależności od wielkości mogą spełniać funkcję filtra mechanicznego, biologicznego i chemicznego. Nie należy jednak spodziewać się rewelacyjnych rezultatów, gdyż ograniczona ilość miejsca na wkłady sprawia, że filtr wewnętrzny może dawać zadowalający efekt w małych akwariach. W przypadku większych zbiorników lub przy dużej obsadzie ryb, nie da on rady usunąć wszystkich zanieczyszczeń. Nawet najmniejszy filtr wewnętrzny zajmuje miejsce wewnątrz akwarium, ciężko jest go więc zakamuflować tak, żeby nie psuł wodnego krajobrazu.
Filtry zewnętrzne montowane są poza akwarium, najczęściej w szafce pod zbiornikiem, dzięki czemu mogą mieć większe gabaryty a przez to większą powierzchnię wkładów filtracyjnych. Woda jest zasysana z akwarium do filtra za pomocą elastycznych wężów, po przefiltrowaniu przez wszystkie wkłady, również za pomocą węża jest tłoczona z powrotem do akwarium. Filtry zewnętrzne, określane równie często jako filtry kubełkowe, właśnie dzięki zastosowaniu dużej ilości mediów filtracyjnych, oraz możliwości dowolnej ich konfiguracji mogą być stosowane w akwariach nawet powyżej 1000 litrów. Zakup filtra zewnętrznego jest przeważnie większym wydatkiem niż filtra wewnętrznego. Należy uwzględnić przy tym cenę filtra, większy pobór prądu, a także koszt wkładów filtracyjnych które z biegiem czasu trzeba wymienić.
Filtracja w akwarium jest rzeczą niezbędną. Każdy z rodzajów filtrów posiada pewne cechy, które sprawiają, że jest niezastąpiony w jednym akwarium, natomiast w innym będzie przerostem formy nad treścią. Filtry wewnętrzne z pewnością można polecić osobom, które dopiero rozpoczynają swoją przygodę z akwarystyką lub posiadają małe zbiorniki z niewielką obsadą ryb i dużą obsadą roślin. Filtry zewnętrzne natomiast zainteresują fascynatów dużych ryb, lub osoby bardziej leniwe, gdyż tego typu filtry najczęściej wymagają czyszczenia co dwa-trzy tygodnie.
