Ser
Klasyczne serowe fondue przygotowuje się ze szwajcarskim serami (np. Ementaler, Gruyère, Appenzeller), które stają się bardzo elastyczne po roztopieniu. Nadają się także sery typu: Beaufort, Mozzarella, Edam, Fontina i Cheddar. Jednak warto wypróbować nawet zwykłe twarde sery, które okażą się pod ręką i nadają się do topienia.
Serowe fondue należy przyrządzać w kwaśnym środowisku (winie, likierze, soku cytrynowym), które nadaje fondue delikatność. Do przyrządzenia bardziej lekkiego, mniej alkoholowego fondue z miękkiego sera należy wybierać ostre lub średnio ostre kozie sery lub miękkie sery z ziołami i pieprzem.
Zdecydowany smak niebieskich serów sprawia, że również nadają się do fondue, jednak należy je topić nie w alkoholu czy soku cytrynowym, lecz w mleku.
Alkohol
Do twardych serów używa się białego wytrawnego wina, np. szwajcarskiego Chasselas. W celu nadania owocowego smaku używamy cydru. Jeśli ser jest dobrej jakości, dojrzały i twardy, można spróbować dodać prawdziwego Ale lub zwykłego piwa. Likiery nadają fondue przyjemny aromat i sprawiają, że staje się jednorodne i gładkie. Najpopularniejszym z likierów do fondue jest Kirsch (nalewka wiśniowa). Czekoladowe fondue będzie smaczniejsze z pomarańczowym likierem Grand Marnier, kawowym Kahlua lub migdałowym Amaretto. Likiery owocowe pasują idealnie do owocowego fondue.
Olej
Do fondue pasują jasne oleje o delikatnym zapachu, które nagrzewają się do wysokich temperatur, nie zagotowując się. Wybieramy olej kukurydziany, słonecznikowy lub arachidowy. Oliwa z oliwek, olej sezamowy oraz olej orzechowy mają zbyt silny zapach, a przy wysokich temperaturach łatwo się zapalają. Jeśli je lubimy, możemy dodać kilka łyżek do innego, bardziej neutralnego oleju, a aromat się rozprzestrzeni.
Czekolada
Im droższa jest czekolada, tym bardziej nadaje się do fondue, gdyż zawartość w niej kakao jest większa, czasem aż 90% w porównaniu do 17% w tańszej czekoladzie. Najlepsza jest gorzka czekolada, gdyż nie zawiera tłuszczy roślinnych, ani cukru. Droższej czekolady potrzeba mniej, niż tej tańszej; nawet jeśli zawiera cukier, intensywny smak będzie zachowany. Słodszy i delikatniejszy smak uzyskamy, używając czekolady mlecznej.
Niezależnie od rodzaju czekolady topimy ją na parze wodnej, a następnie przelewamy do naczynia do fondue i utrzymujemy temperaturę za pomocą palnika ze słabym płomieniem lub malutkiej świeczki.