Zbudowany w okresie baroku, posiada jedną z najpiękniejszych kulisowo rozwiązanych fasad, obliczoną na oglądanie w perspektywicznym skrócie. Jej twórca Franciszek Placidi nawiązał do tradycji bujnego baroku. Założony przez Jana z Mathy zakon Trynitarzy zajmował się wykupywaniem więźniów z niewoli tureckiej. Posiadał godło: umieszczony na białym czerwono-niebieski krzyż. Kolorystyka tego emblematu ma symbolizować: kolor biały– Boga Ojca, czerwony – Jezusa Chrystusa, niebieski – Ducha Świętego.
Kiedy zakon Trynitarzy przestał istnieć, przekazano świątynię Ojcom Bonifratrom, przeniesionym z kościoła Św. Urszuli przy ulicy św. Jana w Krakowie. Pojawienie się braci w Polsce wiąże się z przybyciem do Krakowa brata Gabriela Ferrary, któremu król Zygmuny III Waza zawdzięczał wyleczenie z ciężkiej choroby – pierwszy polski konwent został ufundowany przez bogatego krakowskiego patrycjusza Waleriana Montelupiego w 1615 roku.
Duchowość bonifratrów to rozmyślanie o Miłosierdziu Bożym i płynące z niego praktyczne działanie: pomoc chorym, opuszczonym, bezdomnym, ubogim i cierpiącym. Toteż Dobrzy Bracia prowadzili szpitale, apteki oraz domy opieki.
Bracia Miłosierdzia (bo i tak ich zwano) umieścili w swoim godle jabłko granatu, wyobrażające świętą miłość z względu na swoją czerwoną barwę. Pełnia ziaren granatu oznacza pełnię cnót a korona przypomina koronę nagrody wiecznej; pęknięta skorupa granatu symbolizuje otwarcie się na bliźniego. Umieszczona na krzyżu korona cierniowa to dążenie do doskonałości przez trudy cierpienia. W kościele to symboliczne godło zakonu odkrywamy namalowane na ścianach, rzeźbione na konfesjonale, a w zakrystii widnieje na witrażu, który zdobi ślepe okno. Znajduje się też na naczyniach liturgicznych i świecach, oraz na drzwiach klauzury dostępnej tylko dla zakonników.
Na licznych ołtarzach możemy podziwiać symbole charakterystyczne dla świętych przedstawień. Święta Helena na obrazie trzyma krzyż, na którym skonał Jezus. Tradycja mówi, że podczas swej pielgrzymki do Jerozolimy około 326 roku odnalazła krzyż wraz z cierniową koroną.
W kaplicy, gdzie znajduje się obraz Świętej Rodziny, odnajdujemy białą lilię - symbol niepokalanego poczęcia Matki Bożej, a łaskę bożą spływająca na wiernych symbolizują promienie światła.
Słońce i księżyc w kaplicy Ukrzyżowania symbolizują śmierć i zmartwychwstanie Jezusa.
W kaplicy świętego Jana Bożego nad świętym widzimy unoszącego się anioła, który trzyma półtrzecia krzyż. Jest to symbol przejścia pogaństwa na wiarę chrześcijańską i walkę w jej obronie. Obraz Tadeusza Kuntze-Konicza przedstawia świętego Kajetana. Leżą przed nim czaszka, dyscyplina i księga. Artysta wyraził w ten sposób jak nietrwałe są dobra doczesne.
W refektarzu klasztoru wisi duży alegoryczny obraz z XIX wieku wyobrażający trzy kobiety. To symbole wiary, nadziei i miłości. Jedna z nich trzyma w rękach kwiat, siedząca pośrodku – kielich i księgę, trzecia zaś – dziecko. Pod ich stopami – ukwiecona łąka i gołębie - symbole pokoju.
Mimo to, że kościół Ojców Bonifratrów jest jedną z najpiękniejszych budowli późnobarokowych w Krakowie, rzadko jest odwiedzany przez mijających go w pośpiechu turystów, zdążających w kierunku leżącego za Wisłą Podgórza.
