Wydaje się, że najbardziej popularnym sposobem rozliczania jest wycenienie przez wykonawcę kosztu wykonania systemu na podstawie specyfikacji. Niestety klient często nie jest w stanie dostarczyć dokładnej specyfikacji, a jedynie przybliżony opis oprogramowania dedykowanego, które potrzebuje, i na jego podstawie oczekuje podania prezycyjnej wyceny. Wykonawca tworzący oprogramowanie na zamowienie może pomóc w przygotowaniu specyfikacji, ale to pociąga za sobą dodatkowe koszty, oraz rodzi konieczność wyceny wykonania specyfikacji. Bez dobrej specyfikacji pomiędzy wykonawcą a klientem mogą pojawić się spory dotyczące sposobu wykonania danej funkcjonalności programu. Sposób ten, pomimo wad, jest obecnie wciąż jednak najbardziej popularny. Cechuje się dużą skutecznością, zwłaszcza gdy dopiero nawiązujemy współpracę z nowym wykonawcą (czy z drugiej strony - z nowym klientem) tworzącym systemy dedykowane.
Drugim sposobem jest stała stawka godzinowa. Firmy oferują różne stawki godzinowe, można spotkać kwoty od 50 do nawet 200 zł netto za godzinę. Oczywiście można znaleźć i niższe i wyższe stawki, są to jednak skrajności. Wykonawca i klient podpisują jedynie ramową umowę. Wykonawca wykonuje prace i na koniec miesiąca podlicza przepracowane godziny, mnożąc je przez stawkę godzinową. Tak otrzymają sumę otrzymuje klient do zapłaty. Ten sposób rozliczeń wymaga wzajemnego zaufania obydwu stron, ale jest bardzo dobry gdy zakres prac do wykonania nad oprogramowaniem dedykowanym często się zmienia, bądź rozszerza. Aby był zastosowany wymaga jednak spełnienia kilku kryteriów, m.in.:
- określenia jasno, co się rozumie przez pojęcie godziny roboczej (godzina wliczająca przerwy wymagane prawem, przerwy obiadowe, czy też jedynie godziny faktycznej pracy? godziny pracy danej osoby, czy też godziny pracy całego zespołu?),
- jasne okreslenie stawki godzinowej i ew. jej wariantów (np. stawka za godzinę, stawka za godzinę pracy w weekendy, w wieczory itd.),
- określenia możliwości sprawdzania poprawności naliczania stawki przez klienta (jak klient może sprawdzać wykonawcę),
- możliwość obserwowania postępów pracy przez klienta,
- możliwość obserwowania historii pracy przez klienta (nad czym pracował pracownik w danym dniu, i ile godzin pracy nad tym spędził).
Przy odpowiednim stopniu zaufania taki sposób rozliczania może być znacznie korzystniejszy niż konkretna kwotowa wycena zlecenia, zarówno dla jednej jak i drugiej strony.
