W przeszłości w Pucharze UEFA mógł uczestniczyć zaledwie jeden klub pochodzący z konkretnego miasta, ale ten warunek zniesiono w sezonie 1975/1976. Wszystko za sprawą dwóch klubów, które wzięły wówczas udział w rywalizacji, a były nimi Liverpool oraz Everton. W latach dziewięćdziesiątych szansę występów w Pucharze UEFA otrzymywały zespoły, które były zbyt słabe, aby podjąć rękawice w Lidze Mistrzów. Nisko notowane federacje wystawiały swoich przedstawicieli w Pucharze UEFA, którzy mieli większe szanse na odnotowanie co najmniej kilku zwycięstw niż w Lidze Mistrzów. Później nastąpiła pewna reforma, która pozwalała na przeniesienie zespołu, który odpadł z Ligi Mistrzów do Pucharu UEFA.
W kolejnych latach podjęto także decyzję o zakończeniu rywalizacji w Pucharze Zdobywców Pucharów. Z tego względu niektórzy zwycięzcy krajowych rozgrywek pucharowych rozpoczynali swoje meczyki o awans do Pucharu UEFA od eliminacji. Warto zwrócić uwagę, że rozgrywki nową nazwę zyskał w sezonie 2009/2010, gdy Puchar UEFA został zastąpiony Ligą Europy UEFA, która popularnie nazywana jest Ligą Europejską. Warto zwrócić uwagę, że w latach 1971-2004 drużynom uczestniczącym w rozgrywkach Pucharu UEFA towarzyszył system play-off, gdy drużyny, które skrzyżował los mierzyły się w dwumeczach. Dopiero od sezonu 1997/1998 podjęto decyzję, iż zamiast dwumeczu w finale o zwycięzcy rozgrywek będzie decydowało jedno spotkanie.
Duża ilość chętnych, którzy chcieli uczestniczyć w rozgrywkach Pucharu UEFA sprawiała, iż od sezonu 1994/1995 rozgrywaną rundę kwalifikacyjną. Z kolei zmiany z sezonu 1996/1997 sprawiły, iż drużyny, które odpadły w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów brały udział w Pucharze UEFA. Formułę zmieniło to nieco w sezonie 1999/2000, od którego drużyna z trzeciego miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów kwalifikowała się do fazy pucharowej Pucharu UEFA. Z grupami w Pucharze UEFA mamy do czynienia od sezonu 2004/2005, gdy w rozgrywkach wzięło udział 40 zespołów. Awans za każdym razem mogły wywalczyć 32 zespoły, a mianowicie 24 drużyny z ośmiu grup, a także osiem drużyn, które trafiały do Pucharu UEFA z Ligi Mistrzów. Znaczące zmiany w Lidze Europejskiej przyniósł 2008 rok, gdy opracowano zasady obowiązujące od sezonu 2009/2010. Obecnie co roku rozgrywki składają się z kwalifikacji, fazy grupowej oraz rywalizacji pucharowej. Rozrosły się także kwalifikacje do Ligi Europejskiej, które odbywają się w czterech rundach. Każda runda eliminacji to dwumecz, który wyłania zwycięzcę kwalifikującego się do kolejnej rundy. Przejście przez czwartą rundę eliminacji Ligi Europejskiej gwarantuje udział w rozgrywkach grupowych. Drużyny z niektórych lig zaczynają eliminacje od 2 lub 3 rundy, co uzależnione jest od ich rankingu w Europie, który tworzony jest na podstawie wielu czynników.
