Zimotrwałe lilie wodne mają kwiaty w niemal wszystkich barwach. Brakuje tylko koloru niebieskiego i fioletowego. Długość kwitnienia lilii wodnych jest zmienna dla poszczególnych odmian, ale między czerwcem a wrześniem większość z nich znajduje się w pełni kwitnienia. Należy starannie wybrać stanowisko nasłonecznione przez cały dzień i ze spokojną wodą. Wybór odpowiedniej odmiany zależy od głębokości sadzenia roślin. Jeśli woda jest zbyt głęboka, lilie wodne szybko marnieją. Natomiast w wodzie za płytkiej wyrastają nad lustro wody i nie kwitną. Wszystkie grzybienie można podzielić na trzy grupy: odmiany do wody płytkiej głębokości 20 – 50 cm, do wody średniej głębokości 40 – 80 cm oraz rosnące w wodzie głębokiej 70 – 120 cm.
Lilie wodne możemy sadzić w różny sposób. Ich kłącza umieszczamy albo bezpośrednio w podłożu na dnie stawu albo w specjalnych ażurowych koszach. Specjaliści radzą, aby kosze wykorzystywać przede wszystkim w małych zbiornikach. Możemy je łatwo wyjąć z wody, gdy trzeba wykonać niektóre prace pielęgnacyjne. Nowe, młode rośliny umieszczamy najpierw w strefie wody płytkiej lub na podwyższeniu z cegieł, aby zawiązki liści dzieliło tylko kilka centymetrów od lustra wody. Dopiero wtedy, gdy liście dotrą na powierzchnię przenosimy kosze na zalecaną głębokość. Niekiedy tę czynność należy wykonać w paru etapach.
Pielęgnacja lilii wodnych nie jest skomplikowana. Przede wszystkim należy stale usuwać żółknące liście i nawozić raz w roku. Widoczne czasem na liściach otwory i korytarze są oznaką żerowania szarynki grzybieniówki. Jednym skutecznym sposobem jest dokładne zbieranie ciemnoszarych chrząszczy. Trzeba odszukać kremowych gąsienic ćmy sówki grzybieniowej, które ukrywają się między dwoma kawałkami liścia. Jednak dla pięknych lilii wodnych warto zapolować na ich szkodniki.
Odmiany tropikalne często mają kwiaty w poszukiwanych odcieniach koloru niebieskiego i fioletowego. Pochodzące z tropików lilie wodne wznoszą swoje oryginalne kwiaty wysoko nad lustrem wody, co nadaje im egzotyczny wygląd. Niestety, gatunki te mogą rosnąć tylko w wodzie ciepłej o temperaturze powyżej 21 stopni C. Dlatego w naszych warunkach klimatycznych egzotyczne grzybienie nie mogą żyć bez wody dodatkowo ocieplanej. Jednym z rozwiązań jest izolowany pojemnik ogrzewany wężownicą wodną i umieszczony w stawie tak, aby jego górna krawędź była na poziomie zwierciadła wody. Na zimę rośliny wyjmujemy i usuwamy pędy oraz korzenie. Same karpy przechowujemy w pojemniku z piaskiem w temperaturze około 15 stopni C. Prostszym sposobem jest uprawa tropikalnych lilii wodnych w szklarni.