Reverse engineering jest także szeroko używane w dziedzinie oprogramowania, ze szczególnym zastosowaniem w bezpieczeństwie IT, przy analizie malware'u.
Tak zwani „rewerserzy” zajmują się odkrywaniem, w jaki sposób działa złośliwe oprogramowanie m.in.: robaki sieciowe, trojany, trojany bankowe w zainfekowanym systemie.
Do tej pory inżynierią wsteczną w dziedzinie bezpieczeństwa IT zajmowało się bardzo wąskie grono specjalistów. Jest to skutkiem głównie tego, że wiedzę w tym zakresie można było zdobyć jedynie przez wiele lat samodzielnej pracy i uczenia się na błędach, ale także i ograniczeń prawnych funkcjonujących w niektórych krajach. Inżynierii wstecznej nie można się też nauczyć w ramach tradycyjnych programów studiów programistycznych, gdyż znacznie wykracza ona poza ich zakres.
W odpowiedzi na rodzące się na polskim rynku zapotrzebowanie na tego rodzaju wiedzę Compendium Centrum Edukacyjne przygotowało zestaw szkoleń, które pozwalają rozwijać się specjalistom w kierunku profesjonalnego reverse engineering.
Nie jest możliwe analizowanie kodu bez znajomości niskopoziomowego języka maszynowego, dlatego pierwszym etapem jest nauka assemblera. Następny, polega na detekcji oraz analizie zachowań malware'u. Na końcu uczestnicy szkoleń uczą się budować wirtualne środowiska służące do dokładnego przebadania znalezionego malware'u w zainfekowanym systemie. Wszystkim procesom analizy towarzyszy poznawanie narzędzi, serwisów online oraz metodologii niezbędnych w walce z złośliwym oprogramowanie.
Ze względu na możliwe zastosowania reverse engineering w wielu krajach jest to technika nielegalna.
Inżynieria wsteczna oprogramowania w Stanach Zjednoczonych na ogół jest nielegalna ze względu na licencje, które tego zakazują. W Unii Europejskiej Dyrektywa 91/250/EEC of 14 May 1991 o Prawnej Ochronie Programów Komputerowych zezwala na stosowanie tej technologii w celu badania interoperacyjności oprogramowania, jednak zakazuje w celu stworzenia konkurencyjnych produktów. Rezultatów uzyskanych z zastosowania inżynierii wstecznej nie wolno upubliczniać.
Interoperacyjność pozwala różnym technologiom na wspólną pracę, polega na używaniu tych samych komend i generowaniu identycznych wyników. Dla komputerów interoperacyjność polega na utrzymaniu komunikacji między systemami działającymi na różnorodnych rodzajach oprogramowania i sprzętu.
